銀行における慣行に倣い、フランス国債庁はオペレーションの事務処理（バックオフィス業務）を内部管理・リスク管理から切り離します。
- 前者は取引の確認・認証・前経理処理と紛争解決、決済追跡を担当するものです。
- 後者はフランス国債庁が曝される種々のリスクを管理する枠組みを制定します。
そのために国債庁は適切な組織を編成し、手続きを決めます。
二重の内部コントロール
銀行規制における規則遵守は国債庁内部の業務ユニットにおいて自主コントロールを制定することを意味します。
第二レベルのコントロールは内部コントロール・リスク管理本部が実施し、これは特に手続きと限界枠組みの遵守を確認し、これに関する報告書を国債庁マネージメントに提出します。
リスク管理においては、フランス銀行・SVT各社、EUROCLEARが運営する市場の受渡決済システム等、公私の機関・組織と情報交換や取引完了のための介入にあたっての関係のコントロールも必要です。フランス国債庁はまた、取引の記帳を担当する省内予算管理会計部（SCBCM）とも毎日連絡を取っています。
外部の二重の監査
フランス国債庁は法律により、政府の市場性債務と手持ち資金の管理、政府の金融リスクと政府が引取った債務のカバーについて、毎年外部監査を受けると規定されています。金融リスク管理 とこれに関わるプルデンシャル手続きの実施に関するオーディットも毎年実施されます。さらにフランス国債庁は数年次内部監査計画を策定し、リスク追跡・管理の目標において外部の専門知識を得ることができます。他方国債庁は2006年度以来、 会計監査院の監査を、特に政府一般会計確認手続きの一環として、受けています。
経済財務省内部の単発的なオーディットが国債庁の業務の諸側面について、財務監督あるいは経済財務総合コントロールの一環として、実施されることもあります。