国库署依照银行操作模式，将交易的行政处理工作（即“后台”业务）与内部监控和风险控制分开:
- 前者处理包括监控和跟踪交易结帐、认可、确认、初步入账和解决纠纷和交割跟踪;
- 后者则负责确定国库署所面临的各种风险的控制范围。
为此，国库署建立了相应的组织编制，制定了有关规范。
两级内部检查
根据银行委员会确立的规定，国库署各运营部门必须建立自动监控机制。
国库署的内部监控和风险控制部门负责第二级监控，监督各方遵守程序框架和风险限额，并就相关议题向领导层汇报。
风险控制还包括对国库署与公共及私营机构之间沟通渠道的监控。这些机构或向国库署提供信息，或参与促成一些交易。他们包括法兰西银行、国债一级交易 商（SVT）以及法国欧洲清算所（Euroclear France）推行的交易结算系统。同时，国库署每天与负责交易入账的部委预算及会计监 察机构（CBCM）保持密切联系。
交易双重外部检查
根据法律规定，国库署每年必须接受外部审计，审核其有关国家可转让债券和国库收支管理、国家金融风险覆盖以及债务转移等方面的工作。另外也对金融风险管理、为此而推出的谨慎程序进行年度审计。此外，为了妥善跟踪和控制风险，国库署还订立了一个内部多年度审计计划，综合利用外部专业技术。此外，法国审计法院也对国库署进行审核，从2006年度以来实行政府账目认证。
此外，经济财政部也会安排内部特设审计，针对国库署各方面业务进行审计，具体工作由财政监察部门或经济财政监控部门完成。