La maîtrise et le contrôle des risques
Dans le cadre de ses missions, l'AFT doit :
- définir et mettre en place un cadre et des procédures de contrôle des opérations financières de l'État ;
- gérer les risques associés aux opérations financières et notamment  le risque de taux, le risque de contrepartie, le risque de règlement, les risques opérationnels et informatiques, le risque d'écart de prévision/réalisation ;
- assurer le suivi administratif des opérations financières ;
- veiller à leur bon dénouement sur le compte du Trésor à la Banque de France (traitement des opérations par le post-marché).

Le contrôle des risques est une activité transversale puisqu'il s'applique à l'ensemble des opérations réalisées par l'agence.

Un cadre conforme aux pratiques de Place
L'État n'est certes pas un établissement financier, mais l'agence France Trésor, qui regroupe ses fonctions d'emprunteur et de trésorier, est apparentée aux établissements financiers par son activité, par les risques qu'elle court et par les métiers qu'elle exerce. En ce qui concerne les opérations de contrôle des risques, les règles du Comité de la réglementation bancaire et financière (CRBF 97-02) paraissaient de ce fait tout indiquées, une fois apportées les adaptations indispensables.

Quatre principes se sont révélés essentiels :
- contrôle permanent au sein de chaque unité opérationnelle et inspection périodique de l'efficacité de ces contrôles mêmes ;
- indépendance des fonctions (par exemple entre l'initiation, la validation et le contrôle des risques associés aux opérations) ;
- définition de limites internes ;
- respect de la piste d'audit (reconstitution de l'ordre logique des opérations et des flux associés).
L'agence a donc conçu et mis en application un cahier de procédures qui définit le cadre général dans lequel elle opère et qui en détaille les normes de gestion, d'organisation et de contrôle. Le directeur du Trésor, président de l'AFT, donne son approbation à ce cahier. Une charte de déontologie, inspirée par les textes appliqués dans le secteur financier, existe aussi au sein de l'agence.