Агентство Франс Трезор осуществляет строго определенные миссии, часто в тесном взаимодействии с другими структурами Генеральной дирекции Казначейства и экономической политики или Министерства экономики, промышленности и занятости.
Персонал Агентства Франс Трезор (35 агентов в 2007 г.) включает как чиновников министерства, так и лиц, работающих по контракту в некоторых определенных областях.

Агентство продолжает деятельность Казначейства, опираясь на всемирно признанные сильные качества, характеризующие французский долг: ликвидность, прозрачность, инновационность. Она продолжает разработку новых финансовых инструментов и модернизацию управления долгом и свободными средствами государства для снижения его стоимости для государственных финансов и для налогоплательщика.

Для успешного осуществления своих миссий деятельность Агентства распределена между следующими функциональными секторами:

Прогнозирование и управление свободной денежной наличностью государства

Определение стратегии государственного долга

Оперативное управление государственным долгом

Контроль и управление рисками и бэк-офис

Макроэкономический и финансовый анализ

Коммуникации

Деятельность в области международного сотрудничества

Информационная система АФТ

Прогнозирование и управление свободными средствами государства
Задачи сектора «Наличность»:
- составление прогнозов наличности;
- отношения с Банком Франции - держателем счета Казначейства;
- отношения с государственными распорядителями средств и бухгалтерами;
- операции управления наличностью: займы и депозиты, сделки прямого и обратного РЕПО с государственными ценными бумагами.

Сектор «Наличность» следит, чтобы счет государства в Банке Франции имел постоянно положительное сальдо и государство могло выполнять обязательства по всем своим расходам, а излишки свободных денежных средств вкладывались так, чтобы приносить доход.

Определение стратегии государственного долга
Сектор «Эксплуатационные исследования» осуществляет анализ рынков процентных ставок и обобщает исследования рынков, представляемые SVT. Он участвует в формировании эмиссионной стратегии, в частности, путем разработки аналитических моделей. Он обеспечивает слежение за новыми облигационными инструментами и предоставляет свои соображения по вопросам финансирования.

Оперативное управление государственным долгом
Управление долгом и отношения со специалистами по ценным бумагам Казначейства (SVT) поручены сектору «Операции на рынке». В его ведении находятся регулярные торги и выкуп долга. В средства активного управления долгом входит также использование контрактов обмена процентных ставок ("своп").
 
Контроль и управление рисками и бэк-офис
Сектор «Контроль рисков» (middle office) определяет и устанавливает кодекс и процедуры контроля. Он управляет рисками, связанными с финансовыми операциями. «Бэк-офис» (back office) регистрирует и прослеживает операции Агентства до их завершения, проверяя их характеристики со специалистами по ценным бумагам Казначейства (SVT). Он передает всю эту информацию Центральному агентству бухгалтерского учета Казначейства (ACCT), которое производит оплату и учет операций.

Макроэкономический и финансовый анализ
Сектор «Макроэкономика» анализирует мировую и европейскую экономическую среду, в которой должна развертываться деятельность Агентства, и обобщает исследования, выполняемые SVT. Он ведет также работу по разъяснению действующим на рынке инвесторам, как во Франции, так и за рубежом, того, каким образом Агентство воспринимает экономическую среду и как оно адаптирует свою деятельность к этой среде.

Коммуникации
Сектор «Информация-Коммуникации» обеспечивает финансовые круги информацией о деятельности Агентства, в частности, через прессу. Сектор является также органом наблюдения за конкуренцией, сбора экономической и распространения собственной информации. Он регистрирует элементы информации любого происхождения, способные представлять интерес для Агентства при осуществлении порученных ему миссий.

Деятельность в области международного сотрудничества
с суверенными эмитентами, которые организуют свой внутренний облигационный рынок и развивают свои системы управления свободными средствами. Активность АФТ в области международного сотрудничества и технического содействия, порученной сектору «Наличность», достигла в 2006 г. высокого уровня. Кроме деловых визитов были организованы четыре миссии: в Украину и Чешскую республику в рамках программ породнения под эгидой TACIS, в Бенин на семинар AFRITAC, проводившийся МВФ для франкоязычных стран Западной и Центральной Африки.

Особые усилия продолжали прилагаться в пользу будущих стран-членов Европейского союза, с которыми у АФТ завязались тесные связи в рамках породнения (Чешская республика, Румыния) или длительного двустороннего сотрудничества (Венгрия). На долю этих стран пришлась половина миссий, осуществленных АФТ. Агентство участвовало также в многосторонних учебных мероприятиях, организованных, в частности, МВФ, работая в семинарах, предназначенных для финансовых руководителей развивающихся стран. Наконец, в рамках двусторонних отношений оно участвовало в тематических обсуждениях, например, проводившемся тунисскими властями по вопросу открытия рынка казначейских бонов для нерезидентов.
 
Информационная система АФТ
Сектор «Вычислительная техника» непосредственно ведает профессиональными информационно-вычислительными средствами Агентства и обеспечивает администрирование и эксплуатацию информационных систем операционного зала, взаимодействуя при этом со своими многочисленными партнерами в самом министерстве и за его пределами.
АФТ оснащено информационной системой (Информационная Система Франс Трезор - SIFT), реализация которой после трех лет полной переработки позволяет вводить будущие изменения, касающиеся находящихся в управлении финансовых инструментов, финансовых технологий или новых норм.
Агентство располагает несколькими вариантами резервирования своей информационной системы, в частности, вариантом перехода на удаленную региональную резервную платформу, размещенную у себя Главной дирекцией государственного учета (DGCP).